O Programa de Pós-Graduação em Botânica do INPA é o primeiro curso de Pós-graduação do Norte do País, tendo sido criado em 1971 e implantado em julho de 1973. Em 1975 firmou convênio com a UFAM, ampliando o número de docentes e implementando o nível de doutorado.

O objetivo que norteou a criação do curso foi formar pesquisadores de alto nível, qualificados para o ensino superior, com ênfase no estudo da vegetação Amazônica, visando promover e divulgar o conhecimento científico e tecnológico para a conservação do meio ambiente e o desenvolvimento sustentável dos recursos naturais, em benefício principal da população regional.

O Doutorado, desde a sua criação, obedece ao regime de fluxo contínuo, sendo o ingresso feito mediante a análise de um plano de trabalho da Tese e demais documentos pertinentes. O ingresso ao Mestrado é feito por meio de prova de conhecimento, inglês e análise de currículo. Até o ano de 2002, o Mestrado foi oferecido bienalmente, quando a oferta passou a ser anual. Assim, no final do ano de 2002, foi oferecida prova para ingresso de alunos em março de 2003, consolidando desta forma a oferta anual do curso. Desde então foram feitas quatro provas de ingresso. Na primeira delas, na fase de ajuste a essa nova sistemática, apenas 4 alunos ingressaram (turma 2003), de forma a propiciar a adaptação dos docentes e infra-estrutura disponível à nova realidade. Nos anos subseqüentes esse número aumentou paulatinamente, com o ingresso de 5 alunos na turma 2004, 8 na turma 2005 e 11 na turma 2006. Todos os alunos, tanto de Mestrado quanto de doutorado, recebem bolsas de órgãos de fomento federais (CAPES, CNPq) ou da Fundação de Amparo a Pesquisa do Estado do Amazonas (FAPEAM).